Il museo è collocato nel centro storico di Padova, nella zona del “ghetto”, nell’edificio dell’ex Sinagoga Tedesca, Scola Grande, sorta nel 1682. 

Nel maggio del 1943 l’edificio fu quasi completamente distrutto dalle fiamme appiccate dalle squadre fasciste e quindi restaurato dalla Comunità ebraica padovana nel dopoguerra. 

Nel Museo sono raccolti oggetti della tradizione ebraica; tra questi spiccano alcune Ketubboth (contratti matrimoniali), oggetti rituali d'uso famigliare (candelabri, porta spezie, piatti di Pesach, bicchieri del kiddùsh), e oggetti della ritualità sinagogale (corone, Sefer Torah, testi di preghiera, spartiti musicali, tessuti pregiati).

Di grande rilievo e significato, un parokhet di manifattura Mamelucca egiziana, risalente alla prima metà del XVI sec., e la Meghillath Esther manoscritta e decorata su pergamena (sec. XVIII).

Elemento centrale e d'innovazione del museo è la video-installazione “Generazione va, generazione viene” del regista Denis Brotto. Dieci personalità rappresentative della storia della comunità ebraica padovana “prendono vita” assieme alla storia e ai luoghi della vita ebraica della città (i cinque cimiteri e gli interni della Sinagoga italiana di via San Martino e Solferino).