La visita si articola in vari percorsi storici che, con l’ausilio di diversi strumenti tecnologici di comunicazione consentono di ripercorrere la millenaria storia del popolo ebraico e della sua presenza a Bologna e  nel territorio regionale.

Tre le sezioni del museo: una dedicata all’identità ebraica; un’altra alla presenza ebraica in Emilia-Romagna, che illustra le diverse realtà territoriali, le loro emergenze storiche, architettoniche e documentarie. La terza sezione dedicata alla presenza ebraica a Bologna si integra, poi, perfettamente con il percorso esterno ai luoghi ebraici della città: dalla zona dell’ex-ghetto ebraico (dove di fatto ha sede il Museo), al rinascimentale Palazzo Bocchi in via Goito con la monumentale iscrizione ebraica incisa lungo il suo zoccolo, alle lapidi ebraiche del XVI secolo presso il Museo Medievale in via Manzoni, fino alla casa medievale di Ovadyah Sforno in Piazza Santo Stefano al n.15.

Nel Museo è presente una libreria specializzata e presso il bookshop è disponibile la Guida ai luoghi ebraici di Bologna in italiano e in inglese, oltre ad una guida del Museo.